Fernando Alonso từng có một đời vợ. Anh và ca sỹ Raquel del Rosario đám cưới hồi tháng 11 năm 2006 và ly dị hồi tháng 12 năm 2011[26], hai người chưa có con.

Alonso là cổ động viên của câu lạc bộ bóng đá Real Oviedo (đội bóng quê hương) và Real Madrid[27], anh cũng thường xuyên tham gia các trận bóng đá gây quỹ từ thiện trước mỗi chặng đua GP Monaco. Bên cạnh đó thì Alonso cũng rất có hứng thú với môn đua xe đạp và từng có ý định thành lập một đội đua xe đạp riêng[28].

Ngoài ra thì Alonso còn sở hữu một khu thể thao phức hợp (bảo tàng, sân golf và trường đua kart) mang tên mình ở quê nhà Oviedo[29].